En 1609 se promulgó el decreto de expulsión de los moriscos, siendo el Grao uno de los puertos por los que se embarcaron para ser trasladados al norte de Africa. En realidad, el impacto directo de la expulsión fue escaso en la ciudad de Valencia, ya que apenas quedaban en ella unas pocas casas de moriscos, pero afectó sensiblemente a las rentas de muchos nobles, la mayoría de los residentes en la capital, lo que a la larga repercutió en la economía de la ciudad.

El siglo XVII, y en particular el largo reinado de Felipe IV (1621-1665), se caracterizaron por el reforzamiento de las tendencias absolutistas de la monarquía, lo que se reflejó en Valencia en el progresivo control de los cargos municipales por el rey y su injerencia —a través del virrey— en competencias que los fueros atribuían a la ciudad. Ello produjo continuas tensiones y el envío de embajadas de protesta a la corte. En esta coyuntura se produjo en 1633 el levantamiento de los labradores de la huerta que protestaban por lo que consideraban impuestos abusivos introducidos por la ciudad sobre la producción y el consumo dentro de su término. Los sublevados llegaron a poner cerco a Valencia, lo que obligó a tomar las armas a sus habitantes. El virrey, el marqués de Camarasa, aprobó inicialmente las reivindicaciones de los labradores, lo que apaciguó la rebelión, pero ante el malestar que provocó esta medida en la capital, al año siguiente se llegó a un nuevo acuerdo que satisfacía a ambas partes y no alteraba gravemente las competencias de aquella.

A esta coyuntura adversa se vinieron a sumar sucesivas epidemias de peste (las más graves en 1647 y 1652) que redujeron la población en un tercio, y una calamitosa riada del Turia en 1651. La economía se mantuvo estancada casi toda la centuria, y sólo manifestó síntomas de recuperación en las décadas finales, en parte por la crisis política que vivió Cataluña en esos años. La burguesía mercantil autóctona prácticamente había desaparecido, y el comercio de exportación e importación estaba en manos de extranjeros. La inexistencia de un puerto de mar en condiciones era una de las causas que dificultaban el comercio, por lo que la ciudad promovió a finales de siglo diversas iniciativas encaminadas a su construcción, aunque no llegaron a cuajar.

El XVII, con todo, fue el gran siglo del ceremonial barroco, de las entradas reales, de las procesiones multitudinarias henchidas de fervor religioso, de los protocolarios actos públicos, de la fiesta, en fin, concebida como el espectáculo del poder. Con ocasión de estas celebraciones la ciudad se transformaba: los palacios exhibían en sus fachadas tapices. Lienzos, espejos y cornucopias, se levantaban arcos triunfales efímeros, se iluminaban las calles con faroles, antorchas y cirios, consiguiendo con todo ello una atmósfera mágica que maravillaba al pueblo. Algo de esta teatralidad se ha perpetuado hoy en día en manifestaciones como los Miracles de Sant Vicent o el Corpus.

.