Tras la victoria cristiana, la población musulmana fue expulsada y la ciudad repartida entre aquellos que habían participado en la conquista, de lo que queda testimonio en el Llibre del Repartiment. Jaime I otorgó a la ciudad unas nuevas leyes, els Furs, que años después hizo extensivas a todo el reino de Valencia. Comenzaba aquí una etapa nueva, de la mano de una nueva sociedad y de una nueva lengua, que sentó las bases del pueblo valenciano tal y como lo conocemos hoy

La ciudad pasó por graves aprietos a mediados del siglo XIV. Por un lado, la peste negra de 1348 y las sucesivas epidemias de años siguientes, que diezmaron a la población. Por otro, la guerra de la Unión, una revuelta ciudadana, encabezada por Valencia como capital del reino, contra los excesos de la monarquía. Por último, la guerra con Castilla, que obligó a levantar a toda prisa una nueva muralla para contener, por dos veces ––en 1363 y 1364––, el ataque castellano. En premio, Pedro el Ceremonioso le concedió el título de "dos veces leal", representado por las dos “L” que ostenta su escudo.

La convivencia entre las tres comunidades, cristiana, judía y musulmana, que ocupan la ciudad, fue conflictiva a lo largo de toda la edad media. Los judíos, instalados en torno a la calle de la Mar, habían progresado económica y socialmente, y su barrio fue ampliando progresivamente los límites a costa de las parroquias contiguas. Por su parte, los musulmanes que permanecieron en la ciudad tras la conquista fueron instalados en una morería junto al actual mercado de Mosen Sorell, contigua al entonces barrio artesanal del Carmen. En 1391 una turba descontrolada asaltó el barrio judío, lo que supuso la práctica desaparición de la comunidad y la conversión forzosa de sus miembros al cristianismo, aunque muchos siguieron practicando su religión en secreto. En 1456, de nuevo un tumulto popular condujo al asalto de la morería, aunque sus consecuencias fueron de menor trascendencia.

A finales del siglo XIV adquirieron especial virulencia los conflictos entre las diferentes familias del patriciado local. Alineadas en dos bandos antagónicos, jugaron un papel destacado en el conflicto dinástico que se produjo a la muerte sin descendientes de Martín el Humano, que desemboca en el Compromiso de Caspe y en la entronización de la casa de Trastamara en la corona catalano-aragonesa. En la sentencia jugaron un destacado papel los hermanos Ferrer, Bonifaci y Vicent, este último canonizado por Calixto III en 1455.

En el siglo XV Valencia vivió una etapa de gran desarrollo económico y esplendor cultural y artístico. Se creó la Taula de canvis, una banca municipal en apoyo de las operaciones comerciales, la industria local —con los tejidos a la cabeza— alcanzó un gran desarrollo, y la ciudad se convirtió en un emporio comercial al que acuden mercaderes de toda Europa. A finales de siglo se erigió la Lonja de mercaderes, centro de transacciones y un verdadero templo del comercio

Este auge económico tiene su reflejo en el plano artístico y cultural. Se levantan ahora algunos de los edificios más emblemáticos de la ciudad, como las Torres de Serrans (1392), la Lonja (1482), el Micalet o la capilla de los Reyes del Convento de Santo Domingo. 

En pintura y escultura se dejan sentir las tendencias flamencas e italianas en artistas como Lluís Dalmau, Gonçal Peris o Damian Forment. En literatura, al amparo de la corte de Alfonso el Magnánimo florece la producción escrita, de la mano de autores como Ausias March, Roiç de Corella o Isabel de Villena. Hacia 1460 Joanot Martorell escribe el Tirant lo Blanch, una innovadora novela de caballería que influyó en numerosos autores posteriores, desde Cervantes a Shakespeare.